Fakultas Kedokteran berdiri atas inisiatif dan prakarsa Prof. V. Henky Supit, SE.,Ak. yang pada saat itu bertindak selaku Ketua Yayasan Widya Mandala Surabaya. Hal ini disebabkan karena AFTA waktu itu sudah begitu dekat dan kebutuhan akan tenaga dokter profesional di Indonesia meningkat dengan tajam. Beliau merasa terpanggil untuk mencoba mengisi kekurangan tersebut. Ide ini kemudian dibahas lebih mendalam dengan Anggota Yayasan dan Rektorat Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya dan beberapa orang lain lagi. Tim pendirian program studi pendidikan dokter yang dipimpin oleh Prof. W. F. Maramis, dr., SpKJ (K) mewujudkan ide tersebut. Dan akhirnya berdirilah secara resmi dengan SK Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional No. 49/E/0/2011 tanggal 23 Maret 2011 tentang lzin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter S1 pada Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya, yang kemudian mendirikan Fakultas Kedokteran dengan SK Yayasan Widya Mandala Surabaya No. 030/YWMS/SK/111/2011. Saat ini akreditasi ulang telah dilakukan pada tahun 2019, berdasarkan SK LAM-PTKes No. 0057/LAM-PTKes/Akr/Sar/II/2019 untuk Prodi Sarjana Kedokteran dan No. 0058/LAM-PTKes/Akr/Pro/II/2019 untuk Prodi Profesi Dokter, maka kedua Prodi mendapatkan Akreditasi B pada tgl 23 Pebruari 2019